1995 yılında TV'de yayınlanıp çok popüler olan bir animasyon eserine yeni sahneler ve gösterim teknikleri eklenerek son ileri dijital teknik kullanılarak görüntüleri yeniden yapılmış olan “Yeni Sinema Versiyon 4 Serisi”nin ilk bölümünde yer alan eserdir. Dünyayı tahrip eden “Second Impact (İkinci Çarpma)”tan 15 yıl sonra, 14 yaşındaki Shinji Ikari, babası ve aynı zamanda özel görevlendirilmiş kuruluş “NERV”in Başkumandanı olan Gendo Ikari tarafından Evangelion'un pilotu olması için emir alır ve “Mürit” denen gizemli düşmanlardan insanları korumak için savaşmak zorunda kalır.