Profesör Xavier, dünyada birçok kişinin farkında olmadığı bir durumdan haberdardır. Bu nedenle kendi isteklerinden bağımsız olarak muhtelif mutasyonlara tabii tutulmuş olan insanları, yeteneklerini açığa çıkarabilmek adına bir okulda toplamıştır. Toplanılan bu gençlerin asıl amacı, dünyaya kötülük salmaya hevesli olan yapay mutantların vahşetini engellemektir. X-Men ekibi, bir yandan politikacıların karalama politikalarıyla didinirken, öteki taraftan dünyayı kurtarmaya çalışacaklardır.